易于被堿性或酸性染料著色的性質(zhì)稱為嗜堿性( basophilia )和嗜酸性( acidophilia )；而對堿性染料和酸性染料親和力都比較弱的現(xiàn)象稱為中性（neutrophilia)。
構(gòu)成組織內(nèi)蛋白質(zhì)的氨基酸的種類很多，它們有不同的等電點。在普通染色法中，染色液的酸堿度為pH6左右，細胞內(nèi)的酸性物質(zhì)如細胞核的染色質(zhì)、腺細胞和神經(jīng)細胞內(nèi)的粗面內(nèi)質(zhì)網(wǎng)及透明軟骨基質(zhì)等均被堿性染料染色，這些物質(zhì)稱為嗜堿性。而細胞質(zhì)中的其它蛋白質(zhì)如紅細胞中的血紅蛋白、嗜酸粒細胞的顆粒及膠原纖維和肌纖維等被酸性染料染色，這些物質(zhì)稱為嗜酸型。如果改變?nèi)旧旱乃釅A度，pH值升高時，則原來被酸性染料染色的物質(zhì)可變?yōu)槭葔A性；pH值降低時，原來被堿性染料染色的物質(zhì)則可變?yōu)槭人嵝浴Ｋ哉f染色液的pH值可以影響染色的反應(yīng)。
脫氧核糖核酸（DNA）兩條鏈上的磷酸基向外，帶負電荷，呈酸性，很容易與帶正電荷的蘇木精堿性染料以離子鍵結(jié)合而被染色。蘇木精在堿性溶液中呈藍色，所以細胞核被染成藍色。伊紅Y是一種化學(xué)合成的酸性染料，在水中離解成帶負電荷的陰離子，與蛋白質(zhì)的氨基正電荷的陽離子結(jié)合使胞漿染色，細胞漿、紅細胞、肌肉、結(jié)締組織、嗜伊紅顆粒等被染成不同程度的紅色或粉紅色，與藍色的細胞核形成鮮明對比。伊紅是細胞漿的良好染料。
由于組織或細胞的不同成分對蘇木精的親和力不同及染色性質(zhì)不一樣。經(jīng)蘇木精染色后，細胞核及鈣鹽粘液等呈藍色，可用鹽酸酒精分化和弱堿性溶液顯藍，如處理適宜，可使細胞核著清楚的深藍色，胞漿等其它成分脫色。再利用胞漿染料伊紅染胞漿，使胞漿的各種不同成分又呈現(xiàn)出深淺不同的粉紅色。故各種組織或細胞成分與病變的一般形態(tài)結(jié)構(gòu)特點均可顯示出來。